La llegada de los conquistadores a Cusco
Durante su largo viaje a Cusco, se hizo evidente que la presencia de los conquistadores no era bienvenida por todos los habitantes. Un acto de resistencia fue liderado por los generales de Atahualpa; sin embargo, como los españoles contaban con el apoyo de grupos étnicos locales y del partido de Huáscar, la resistencia fue fácilmente derrotada.
Las rebeliones sucesivas fueron duramente reprimidas; las armas y los caballos traídos por los conquistadores inspiraban terror entre los lugareños y, como consecuencia, fue relativamente fácil conquistar este extenso territorio. A finales de 1533, Cusco estaba bajo el control español, convirtiéndose en un nuevo asentamiento colonial español.
La fundación de la Ciudad de los Reyes
En 1535, Pizarro fundó la Ciudad de los Reyes o Lima, la nueva capital peruana. Su proximidad al mar y su acceso a un puerto facilitaron la comunicación y el comercio con España. Se crearon nuevas instituciones políticas, administrativas y militares para gobernar el territorio, y Lima se convirtió en el centro del poder español en América del Sur.
Muchas ciudades incas fueron reconstruidas, sus edificios fueron saqueados en busca de metales valiosos y algunos de ellos fueron demolidos. Otros conservaron sus antiguas paredes como base para nuevas construcciones. Se construyeron pueblos alrededor de una plaza central, con una iglesia o catedral frente al edificio gubernamental.
La sociedad colonial y su estructura social
La nueva sociedad colonial era conservadora y estaba basada en clases sociales. Los hijos de ciudadanos españoles nacidos en América, criollos, tenían menos estatus que los españoles nativos y no se les permitía ocupar altos cargos en el gobierno. Por debajo de ellos en la escala social se encontraban los amerindios y mestizos. Solo los curacas conservaron sus antiguos privilegios y se permitía que sus descendientes asistieran a escuelas para nobles.