Durante el siglo XV, los portugueses y más tarde los españoles, surcaron los mares en busca de rutas alternativas al Mediterráneo. En 1492, los españoles llegaron a América bajo el mando de Cristóbal Colón. Sus viajes fueron financiados por la corona española y otros inversores privados que buscaban obtener ganancias de los recursos naturales de estas nuevas tierras. La Iglesia Católica también participó, ya que estaba interesada en convertir a la población local al cristianismo.
Los primeros pasos en América
Los conquistadores desembarcaron por primera vez en las islas de Cuba y Haití, a las que llamaron Juana y La Española respectivamente. De Juana partió Hernán Cortés para conquistar el Imperio Azteca, y de La Española, Vasco Núñez de Balboa y Francisco Pizarro en una expedición que los llevó a Panamá y al Océano Pacífico.
Se sabía que al sur del continente se encontraba una tierra rica en oro y plata. Francisco Pizarro, Diego de Almagro y Francisco de Luque obtuvieron los fondos necesarios para financiar su exploración, pero fue Pizarro quien obtuvo el derecho de ser nombrado gobernador de las nuevas tierras por descubrir y conquistar. En 1532, un grupo comandado por Pizarro desembarcó en una ciudad ahora conocida como Tumbes. Inicialmente se establecieron en la costa norte y fundaron la primera ciudad española en territorio peruano, San Miguel de Piura. Encontraron un gobierno inca debilitado que estaba atravesando una guerra civil en la que los hermanos Huáscar y Atahualpa buscaban controlar el imperio. Pizarro aprovecharía luego esta situación.
El encuentro con Atahualpa
En 1532, Pizarro llevó a sus tropas a Cajamarca para encontrarse con Atahualpa, pero el Inca estaba en las afueras de la ciudad llevando a cabo una ceremonia religiosa. Pizarro envió a un mensajero para invitar a Atahualpa a reunirse con él, y como el Inca era considerado una deidad, no vio peligro y asistió a la reunión sin ninguna protección militar. Una vez en la plaza, un sacerdote llamado Valverde entregó a Atahualpa una Biblia y le pidió que jurara lealtad al Papa y al Rey de España. Cuando Atahualpa se negó, los soldados españoles que estaban dispersos alrededor de la plaza rodearon al Inca y lo tomaron prisionero, matando a miles de sus seguidores leales.
Atahualpa era consciente de que los españoles estaban interesados en metales preciosos como el oro y la plata, y a cambio de su libertad les ofreció dos habitaciones llenas de plata y una de oro hasta la altura de sus brazos. El trato nunca se cumplió; los conquistadores ejecutaron a Atahualpa y se apropiaron del rescate.
Mientras tanto, Pizarro, aprovechando el conflicto entre los dos hermanos Atahualpa y Huáscar, ambos muertos, se alió con el partido de Huáscar y nombró a Tupac Huallpa como el nuevo Sapa Inca. Los españoles establecieron alianzas y obtuvieron el apoyo de tribus locales que estaban sometidas al poder inca. Pizarro y sus tropas se dirigieron a Cusco, pero cuando llegaron a Jauja, Tupac Huallpa fue asesinado y Pizarro nombró a Manco Inca como el nuevo Sapa Inca.
No pasó mucho tiempo antes de que Manco Inca se diera cuenta de los abusos que los conquistadores cometían contra la población nativa. En 1536, Manco Inca y su ejército se rebelaron y se refugiaron en Vilcabamba, donde establecieron un gobierno inca. Manco Inca fue asesinado y reemplazado por sucesivos Sapa Incas hasta que Tupac Amaru I fue capturado y ejecutado por el Virrey Toledo. Esta fue la última resistencia nativa durante la colonia.